priorytetowy obszar badawczy: HealthTech
Osiągnięcia naukowe
Szymon Grabowski jest profesorem w Instytucie Informatyki Stosowanej na Wydziale Elektrotechniki, Elektroniki, Informatyki i Automatyki Politechniki Łódzkiej. Tytuł profesora nauk inżynieryjno-technicznych w dyscyplinie informatyka techniczna i telekomunikacja otrzymał w 2023 r. Jego zainteresowania badawcze obejmują algorytmikę tekstową, bioinformatykę oraz kompresję i kodowanie danych – dziedziny, które w naturalny sposób łączą się w problematyce przetwarzania danych z sekwencjonowania genomów. Doktorat (2003) poświęcił rozpoznawaniu obrazów (klasyfikatory minimalnoodległościowe), habilitację (2011) – algorytmom tekstowym, m.in. metodom bitowo-równoległym wyszukiwania dokładnego i przybliżonego oraz wariantom skompresowanego indeksu FM. Po habilitacji jego badania coraz silniej skupiły się na bioinformatyce.
Profil badawczy i kierunki badań
Do najważniejszych osiągnięć należą: PgRC i PgRC2 – bezstratne narzędzia do kompresji danych sekwencjonowania (FASTQ), o wysokim stopniu kompresji i szybkiej dekompresji, niewymagające genomu referencyjnego; copMEM2 – skalowalne narzędzie do wyszukiwania maksymalnych dopasowań (MEM); MBGC – kompresor kolekcji genomów bakterii (ponad 12 tys. pobrań); KMC/KMC2 – szybkie zliczanie k-merów; oraz FFC – szybki kompresor FASTA. Kluczową ideą PgRC jest pseudogenom, tj. przybliżenie najkrótszego wspólnego nadłańcucha, na który mapowane są ready sekwencjonowania. Obecnie prof. Grabowski prowadzi badania nad indeksowaniem kolekcji genomów bakterii, formatami danych sekwencjonowania łączącymi oszczędną reprezentację z szybkim dostępem do wybranych statystyk, a także nad wykrywaniem plagiatów w studenckich kodach źródłowych.
Wyróżnienia i uznanie środowiska naukowego
Współpracował międzynarodowo z Ruđer Bošković Institute w Zagrzebiu (konsultacje projektu Chorwackiej Fundacji Nauki, 2019–2022, wykład zaproszony). Jest zdobywcą Best Paper Award na konferencji SPIRE (Glasgow, 2006), autorem ponad 100 recenzji dla czasopism i konferencji międzynarodowych oraz wieloletnim recenzentem wniosków grantowych NCN.